Az Egészségügyi Készletgazdálkodási Intézet szervezeti sematikus ábrájának leírása:
Az intézmény vezetője a főigazgató. A főigazgató alá közvetlenül a főigazgató-helyettes, a gazdasági főigazgató, az igazgatási és dokumentációs osztály, a belsőellenőrzés, valamint a munka- és tűzvédelem tartozik.
A főigazgató-helyettes alá az orvostechnikai és gyógyszerügyi osztály tartozik.
A gazdasági főigazgató alá a pénzügyi és számviteli, a műszaki és üzemeltetési, az informarikai osztály, valamint a munkaügy és bérgazdálkodás tartozik.